De regisseur maakte meer dan zestig toneelstukken in Rusland en het buitenland. Hij begon zijn carrière in 1958 als acteur. In de jaren zestig maakte hij de overstap naar theaterregie. Tien jaar later stond hij aan het hoofd van het Komedietheater in het toenmalige Leningrad.
In 1993 richtte Fomenko zijn eigen gezelschap op, waarin zijn studenten van de theateracademie in Moskou meespeelden. De toneelgroep verwierf bekendheid met de verfrissende vertolking van klassiekers. President Vladimir Poetin noemt het overleden van Fomenko een ’onherstelbaar verlies'.