Stuart regisseerde 'Willy Wonka & the Chocolate Factory' in 1971. Het was een klassieker voor kinderen en de hoofdrol werd gespeeld door Gene Wilder. 

Andere verwezenlijkingen van Stuart waren onder meer de in 1969 gemaakte komedie 'If It's Tuesday, This Must Be Belgium'.

Stuart maakte ook veel documentaires, waaronder drie uitgaves van 'The Making of The President', en portretten van de artiest Man Ray. Zijn baanbrekende film 'Wattstax' had het dan weer over de grotendeels zwarte Watts-gemeenschap van Los Angeles in de nasleep van de rellen van 1965.