Yann Huguet reed zijn eerste drie profjaren in Franse loondienst bij Cofidis en Agritubel. Nadat die laatste eind 2009 de boeken had moeten neerleggen,
kon de Fransman de overstap maken naar Skil-Shimano. 2009 was overigens het jaar waarin Huguet zijn... eerste profzeges boekte. Hij won een rit en het eindklassement in de Rhone-Alpes Isère Tour (2.2) en schreef nadien ook nog de Tour du Doubs (1.1) op zijn naam. Het jaar daarop sloeg het noodlot toe voor Huguet toen hij bij een zware valpartij zijn bekken brak. In de Hel van het Mergelland had hij voordien zijn Nederlandse werkgever nog een vroege seizoenszege bezorgd.